Das Gebiet der heutigen Stadt Bad Säckingen war bereits in vorgeschichtlicher Zeit verhältnismäßig dicht besiedelt. Zahlreiche Funde aus der Stein- und Bronzezeit, die heute im Heimatmuseum besichtigt werden können, geben hiervon ein anschauliches Bild.

Seit dem ersten Jahrhundert nach Christus siedelten die Römer in Gutshöfen am Rhein entlang und benutzten sicherlich auch die hier sprudelnden warmen Thermalquellen.

Im 4. bis 5. Jahrhundert erfolgte der Einbruch der Alemannen und nun entstand am rechten Rheinufer (im Bereich des heutigen Obersäckingen) unter dem Namen Säckingen eine alemannische Siedlung. Auf der Rheininsel (dem heutigen Stadtzentrum) aber entstand auf Initiative des Heiligen Fridolin, der den Alemannen der Gegend das Christentum predigte, im 6. Jahrhundert ein Doppelkloster. Während dem Männerkloster eine untergeordnete Bedeutung zukam, erlangte die Frauenab-tei, als königliches Eigenkloster von den Merowinger und Karolinger gefördert und mit großem Grundbesitz ausgestattet, eine herausragende Stellung. In diesem Damenstift fanden nur adelige Frauen Zugang. Die Frauenabtei wurde zum geistigen, kulturellen und wirtschaftlichen Mittelpunkt der Hochrheinischen Landschaft, was auch der späteren Stadt im Mittelalter ihre Bedeutung innerhalb der Region gab.

Die Stadt Säckingen verdankt ihre Entstehung dem Bedürfnis der klösterlichen Grundherrschaft, die Erzeugnisse der ausgedehnten Wirtschaftsgüter umzusetzen. So gründete das Damenstift im 11. und 12. Jahrhundert auf der Rheininsel einen Markt, der sich bald zur Stadt entwickelte. Eine gemeinsame Ummauerung umschloß Stadt und Kloster, deren Lage zudem gesichert war durch die beiden sie umschließenden Rheinarme. Die Äbtissin des Stifts, die 1307 in den Fürstenstand erhoben wurde, war ursprünglich Stadtherrin, doch im Laufe des 13. Jahrhunters erlangte die Bürgerschaft die städtische Eigenständigkeit.

Im Jahre 1173 erhielten die Grafen von Habsburg die Reichsvogtei über das Kloster Säckingen und begründeten damit die politische Landeshoheit. Dadurch wurde Säckingen ein Teil des habsburgisch-österreichischen Territoriums und bildete mit den drei anderen „Waldstädten" am Rhein (Rheinfelden, Laufenburg und Waldshut) das Bindeglied zu den vorderösterreichischen Besitzungen im Breisgau und Elsaß. Diese Stellung bestimmte auch das Schicksal der Stadt Säckingen vom 14. bis zum 18. Jahrhundert. In den Kämpfen der Eidgenossenschaft gegen Habsburg war sie oft das Ziel eidgenössischer Angriffe und wurde in den Jahren 1415 und 1445 von den Eidgenossen belagert. Das treue Festhalten am österreichischen Landesherrn belohnten die Herzöge von Österreich mit der Übertragung der hohen Gerichtsbarkeit und Zollhoheit an die Stadt.

Im ausgehenden Mittelalter erlebten Stift und Stadt eine wirtschaftliche Blüte, die sich in einer regen Bautätigkeit äußerte. Nach einem Brand wurde um 1360 der gotische Bau des Münsters vollendet und 200 Jahre später erbaute die Stadt eine neue Rheinbrücke, die mit ihren wuchtigen Steinpfeilern als einzige heute noch erhaltene Holzbrücke das Bild der Landschaft beherrscht.

Reformation und Bauernkrieg berührten die Stadt nur am Rande. Dagegen wurde sie in den folgenden drei Jahrhunderten oft in die Auseinadersetzungen hineingerissen, in denen sich Österreich und Frankreich um die Vormachtstellung in Europa bekämpften. Im 30jährigen Krieg plünderten Schweden und Franzosen zweimal die Stadt, die ein schweres Schicksal erlitt, als 1678 beim Einmarsch der Franzosen alles bis auf wenige Häuser niedergebrannt wurde.

Der Wiederaufbau in den darauffolgenden Jahrzehnten bestimmt das heute noch erhaltene Straßenbild, das mit seinen ruhigen Linien und seinen spätbarocken Anmut die Altstadt beherrscht. Es war auch die Zeit, als Franz Werner Kirchhofer und Maria Ursula von Schönau lebten. Ihre Liebesgeschichte gab dem Dichter Josef Viktor von Scheffel den Anreiz und den Stoff zu seinem Versepos „Der Trompeter von Säckingen" und machte damit die Stadt Säckingen weit über ihre Grenzen hinaus bekannt.

Im Stadtbild hat das 18. Jahrhundert noch zwei besondere Glanzpunkte spätbarocker Baukunst hinterlassen; das Münster erhielt durch die bedeutendsten süddeutschen Maler und Stukkateure seine endgültige Ausgestaltung und die Freiherren von Schönau erbauten an der Stelle einer älteren burgartigen Anlage ihr Schlößchen, das mit seinem Park auch heute noch als anmutiges Juwel dem hochragenden Münsterbau und den bürgerlichen Häusergiebeln zur Seite steht.

Die bedeutendste Wende in der geschichtlichen Entwicklung der Hochrheinland-schaft brachten die napoleonischen Kriege und ihre Folgen. 1801 wurde der Rhein zur Staatsgrenze. Die Stadt fiel mit dem vorderösterreichischen Breisgau an das Großherzogtum Baden und das bisher ebenfalls österreichische Fricktal links des Rheins kam zur Schweiz. 1806 wurde das Säckinger Frauenkloster nach mehr als tausendjährigem Bestehen aufgelöst, dessen verbliebenen Besitz erhielt das Groß-herzogtum Baden.

Die wirtschaftliche Entwicklung der Stadt wurde im 19. und beginnenden 20. Jahrhundert von Textilfabriken maßgeblich beeinflußt, an deren Gründung hauptsächlich schweizerische Unternehmer beteiligt waren. Säckingen wurde für kurze Zeit zur bedeutendsten Textilstadt Badens.

Nachdem der rechte Rheinarm um 1830 durch einen Damm zugeschüttet und so die alte Inselstadt ans nördliche Festland angebunden worden war, weitete sich die städtische Siedlung über die zuvor nur kleine „Vorstadt" und nahm zuletzt auch das alte Dorf Obersäckingen in ihr Gemarkungsgebiet auf.

Der erste und zweite Weltkrieg brachte der Bevölkerung wie anderorts Not und Elend, die durch die großzügige und tatkräftige Hilfe vieler Schweizer Bürger gelindert wurde. Viele Vertriebene aus dem Osten fanden nach dem letzten Weltkrieg in Säckingen eine neue Heimat, was die Einwohnerzahl der Stadt um rund 20% anwachsen ließ. Im Jahre 1973, nach der großen Verwaltungsreform, schlossen sich die umliegenden Gemeinden Wallbach, Harpolingen und Rippolingen der Stadt an. Die siebziger und achtziger Jahre dieses Jahrhunderts waren geprägt von einer prosperierenden Zeit. In Säckingen wurde eine vorbildliche Altstadtsarnierung verwirklicht. Zudem entstanden Schulen und Sportstätten und mit dem Bau des neuen Kurzentrums setzte die Stadt eine schon seit Jahrhunderten hier gepflegte Bädertradition fort, die heute inbezug auf Behandlung und Forschung rheumatischer Erkrankungen führend im süddeutschen Raum ist. Eine Anerkennung erhielt die Stadt, als ihr im Jahre 1978 der offizielle Titel „Bad" verliehen wurde.