Über die Dächer der Bad Säckinger Altstadt ragt der hohe Bau des Fridolinmünsters. Mit seinen beiden Kuppeltürmen ist die Kirche zugleich charakteristisches Merkmal der ganzen Landschaft und ein eindrückliches Zeugnis einer blühenden Verehrung des Heiligen Fridolin an seiner Grabstätte. Als zentrales Heiligtum der Fridolinswallfahrt, die im Mittelalter ein sehr ausgedehntes Einzugsgebiet umfasste, und als deren Betreuer sich das adelige Frauenstift zu Säckingen betrachtete, ist im 14. Jahrhundert der gotische Bau des Münsters entstanden. Doch birgt das Münster heute noch Überreste früherer Kirchenanlagen. Einer karolingische Bauetappe aus dem 10. Jahrhundert entstammt die jüngst sanierte Krypta unter dem Chor und in den Untergeschossen der beiden Westtürme sind noch Elemente eines romanischen Baues enthalten, der um 1100 errichtet worden ist. Nach einem Großbrand im Jahre 1272 entstand auf den romanischen Fundamenten und Überresten der dreischiffige gotische Bau mit gewölbtem Chor, der am 21. Dezember 1360 vom Konstanzer Bischof Heinrich von Brandis eingeweiht wurde, dessen Schwester Fürstäbtissin zu Säckingen gewesen war. Dieser gotische Bau ist in der architektonischen Struktur heute noch gut zu erkennen, obwohl zwei barocke Bauphasen im 17. und 18. Jahrhundert dem Münster sein jetziges Aussehen verliehen.

Als im Juli 1678, während der Franzosenkriege, Truppen die Stadt plünderten und anzündeten, zerstörte ein Brand auch die Kirche, wobei der Dachstuhl und die Obergeschosse der Türme einstürzten. Vom Langhaus waren nur noch die Mauern und die Arkaden mit den Säulen stehen geblieben. Den Zerstörungen standgehalten hatten die gewölbte Decke des Chors. Der Chor wurde notdürftig hergerichtet und hier fand in den folgenden Jahren der Gottesdienst statt. Erst zwanzig Jahre später hatte das Stift die nötigen finanziellen Mittel beisammen und der Wiederaufbau des Münsters konnte realisiert werden.

Nun setzte die erste Barockisierung ein. Die damalige Äbtissin Maria Barbara von Liebenfels ließ auf die Türme kupferne Zwiebeltürme mit vergoldeten Kreuzen aufsetzen. Die hierzu erforderlichen höheren Aufwendungen begründete sie mit der Bedeutung der Fridolinswallfahrt; „dass die bessere Vollführung und Auszierung des Gebäudes die Wallfahrt und Devotion gegen den Heiligen Fridolin in mehrere Consideration und Zunahme gebracht und damit die Ehre des Stift- und Landespatrons vermehrt werde". Zudem wurden jetzt die beiden Oktogone der Seitenkapelle angefügt. Sie sind ein Werk des schwäbischen Baumeisters Michael Widemann aus Ehingen, der unter anderem auch die Klosteranlage von Neeresheim geschaffen hatte.

Zur Ausschmückung des Innenraumes nahm das Stift berühmte und qualifizierte Stuckateure unter Vertrag. Aus Wessobrunn kam der Stuckateur Thomas Bader mit 12 Gesellen. Darunter waren auch die Meistergesellen Lorenz Gigl, Johann Stiller und dessen Bruder Caspar. Ihnen gefiel Säckingen so gut, dass sie sich hier niederließen und einbürgerten. Im Jahre 1699 arbeiteten die Stuckateure 32 Wochen lang im Langhaus und verzierten und umrahmten mit ihren Kranzgirlanden, Blumen- und Blattornamenten die Felder, in die dann der Maler seine farbenfrohen Fresken setzte.

Für die Ausmalung hatte das Stift den „kunstreichen Maler" Francesco Antonio Giorgioli aus Meride im Tessin gewinnen können. Er war ein gesuchter und vielbeschäftigter Künstler, um den sich verschiedene große Klöster bemühten. So zeugen z.B. die Klosterkirche von Muri und Rheinau vom hervorragenden Können des Malers.

Einheimische Bildhauer und Altarbauer erstellten mit dem Chorgestühl, der Kanzel und dem Hochaltar ebenfalls Meisterwerke barocker Kunst. Als krönender Abschluss dieser ersten barockisierten Bauetappe schuf um 1740 Caspar Bagnato, der als Baumeister des deutschen Ritterordens auch die Schlösser zu Altshausen und auf der Mainau gebaut hatte, die wuchtige Umrahmung des Hauptportals.

Doch nicht lange erstrahlte das Münster im frühbarocken Stil. Noch einmal vernichtete ein Brand Teile des Münsters, als im Jahre 1751 infolge der Unachtsamkeit eines Orgelbauers die Decke des Langhauses und die Türme in Flammen aufgingen. Erhalten geblieben waren die beiden Seitenkapellen und die Fresken am Hochaltar.

Nun erfolgte in einer letzten Periode die Ausstattug des Kirchenschiffs und des Chors mit Stuckaturen und Gemälden im schwungvollen eleganten Stil des Rokokos. Es entstand eine harmonische Verbindung gotischer und barocker Raumkunst, die der Meisterhand bedeutender Künstler jener Zeit, des Augsburger Stuckateurs Johann Michael Feichtmeyr und des Konstanzer Malers Franz Josef Spiegler zu verdanken ist. Beide Meister haben sich auch an anderen großen Kirchenbauten Ruhm erworben so z. B. in Zwiefalten und Ottobeuren.

Mit dieser letzten Gestaltung des Fridolinmünsters hat sich das adelige Frauenstift Säckingen kurz vor seiner Aufhebung noch ein würdiges Denkmal gesetzt. Das Bad Säckinger Münster ist das Ergebnis dreier großer Bauepochen, der Romanik, der Gotik und des Barock. Keiner dieser Bauperioden bestimmt für sich Charakter und Eindruck des Baues, jede dieser Stilepochen hat das Münster mitgeformt und geprägt.

Zur Ehrung des Heiligen Fridolin wurde das Gotteshaus erschaffen. Die innere Bindung, die nicht nur im ehemaligen Stift, sondern auch in Stadt und Landschaft gegenüber dem ersten alemannischen Glaubensboten und heute Stadtpatron immer lebendig war und heute noch ist, zeigt sich am deutlichsten beim alljährlichen Fridolinsfest, wenn am Sonntag nach dem 6. März das Fridolinsmünster zum geistig-religiösen Mittelpunkt der Landschaft wird.